1) "jquery.js" é o core do jquery.
Voce pode ve-lo como "jquery-x.x.js", "jquery.min.js" ou a combinação de ambos, exemplo: jquery-1.5.min.js
No primeiro caso os 'x' representam o numero da versao atrelado ao nome do arquivo, nada mais que isso.
No segundo exemplo, o sufixo "min" conjugado com o nome do arquivo siginifica que o código-fonte é exatamente o mesmo daquele que não tiver o "min", porém em linha.
Em suma: sem o "min" igual a código-fonte identado. Com "min", código-fonte sem identação (poupando preciosos kb)

2) jquery-ui.js é o core de efeitos, widgets e interações (fade, drop, mouse, slider, etc.)
Além dos sufixos "min" e "-x.x", existe uma terceira variacao: "custom".
Nesse caso, "custom" representa uma versão feita "sob-encomenda". Ou seja, voce pode desabilitar/habilitar certos itens do Core que não serão usados. Assim, diminuindo consideravelmente o tamanho do arquivo. No site lucasmaia.com, um jquery-ui.js possui apenas 20kb. O original completo tem cerca 200kb. Redução de 90%.
Veja como é simples escolher e baixar apenas aquilo que lhe convém:
http://jqueryui.com/download

Exemplo de um nome completo: jquery-ui-1.8.9.custom.min.js